首先需要在地图标示点附近找到四个雷元素方碑，通过调整方碑上的樱花图案朝向同一方向来解除封印。具体操作顺序为：攻击左上角的方碑两次，再攻击中间的方碑两次，随后即可点亮第四根柱子完成初步解密。这个步骤需要严格按照顺序执行，否则可能导致机关重置。
完成雷元素方碑解密后，返回中央启动机关，会出现一个洞口。跳入洞口后需要使用特殊道具留念镜观察周围的小狐狸雕像，每个被观察的雕像都会显现出隐藏装置。这些装置必须全部启动才能打开石门。在此过程中可以收集到雷神瞳，建议提前规划路线以免遗漏重要物品。
荒海地宫的入口机关需要特定方式激活。在井底区域，玩家需按照前1、左3、左上2、右3、右上2的顺序操作机关。右手边的大门需要解锁两个仙灵，一个位于柱子上，另一个在大祓树左侧。仙灵触发后会开启新的路径，这是进入更深层区域的关键步骤。
水位控制是进入荒海底部的最后环节。通过解开五个特定机关可使水位下降，露出通往荒海海底的通道。这个环节需要耐心寻找所有机关位置，部分机关可能隐藏在视觉盲区或需要特定角度才能发现。完成全部解密后，荒海区域的完整地图将完全开放。
