组织争霸赛的开启需要满足特定条件。首先组织等级需达到3级且上周累计组织密令达到90个，这是报名的基础门槛。报名时间为每月最后一个星期五前5天开始，截止到周五晚上8点。报名成功后系统会根据组织战力排名筛选前16名的组织获得本服争霸赛资格。报名截止后新加入组织的成员无法代表组织参赛，因此需提前完成人员调整。
组织争霸赛分为本服和跨服两个阶段。本服争霸赛在每月最后一个星期六晚上9点开始，采用小组赛制，16个组织随机分为4组进行对决，小组胜出者进入决赛。跨服争霸赛则在本服争霸结束后下一个星期五晚上9点进行，只有本服冠亚军组织能获得跨服参赛资格。比赛采用1V1手操对战模式，双方组织成员按首领设定的顺序依次出战，同时进行4场战斗，战败者由后续成员顶上继续战斗。
参赛组织需重视战术准备和人员配置。首领需在比赛开始前5分钟进入活动界面调整出战顺序，建议将实力较强的成员安排在靠前位置。每位成员初始拥有2次胜利机会，可额外购买1次挑战次数，合理分配挑战次数对胜负至关重要。比赛胜负判定有两种标准：一方组织成员全部耗尽挑战次数即判负，或比赛时间结束时存活成员数量多的一方获胜。因此组织活跃人数和成员持续作战能力是取胜关键因素。
组织争霸赛的奖励包括三代火影猿飞日斩碎片、高招券及专属称号等。本服冠军组织全员可获得争霸の王者称号，跨服冠军还有额外奖励。未获得参赛资格的玩家可选择支持其他组织，若支持的组织最终夺冠也能获得金币奖励。建议参赛组织在赛前进行充分演练，熟悉各忍者技能配合，同时研究对手常用阵容和战术，制定针对性策略。
