挑战卷是参与强者降临等特殊活动的重要道具，合理使用能高效获取S级忍者碎片和稀有资源。挑战卷主要通过冒险副本、小队突袭和精英副本三种途径获取，每次通关这些副本都有概率掉落1张挑战卷，其中小队突袭是兼顾效率与资源产出的推荐选择。强者降临每次挑战需消耗3张挑战卷，系统会随机分配不同资质的对手，胜利后可获得对应奖励，失败则无收益，但可消耗额外1张卷直接跳过战斗确保奖励。
挑战卷的使用策略需结合目标优先级。若以获取S级忍者为核心，建议集中兑换单一忍者碎片，如小南、自来也等，攒够40片即可招募；若侧重资源积累，则优先选择忍玉或保护符，前者用于90级后的忍具强化，后者能提升饰品强化成功率。每日通过活跃度宝箱可固定获得12张挑战卷，相当于4次挑战机会，这是稳定来源。副本刷取虽无上限，但概率较低，需合理分配体力。
生存挑战模式同样涉及挑战机制，但规则不同。该模式每日最多派遣12名忍者攻占15个据点，每名忍者血量与奥义能量不会自动恢复，因此需谨慎选择克制对手的忍者。战斗时注意敌方会优先释放秘卷和通灵兽，建议将对手逼至地图边缘后拉开距离，利用连击重置时间。电脑操控的对手技能释放精准且无CD限制，需提前预判走位。
攻击型秘卷如雷遁·雷电击可追加伤害，防御型如土遁·土流壁能抵挡攻击，辅助型如医疗忍术可回复血量。远程忍者推荐携带真空波或除魔防突进，近战角色适合风压提升控场能力。通灵兽蛞蝓应置于首位，在血量低于三分之二时立即使用，兼顾治疗与击飞效果。秘卷可通过任务、副本或商店获取，高品质秘卷往往需挑战高难度内容。
新手应避免分散消耗卷轴，初期锁定1-2个S忍碎片持续积累。副本刷取时同步完成每日任务，兼顾挑战卷与基础资源收益。强者降临的挑战次数建议控制在活跃度奖励范围内，非必要不额外投入体力刷取。生存挑战中保留高血量忍者应对后期据点，前九关可选用鹿丸等低消耗角色配合蛞蝓实现无伤通关。
