深空探秘的核心玩法依赖于加密星图数据的获取与解密。加密星图数据主要通过完成星系任务随机掉落，品质分为不同等级，高品质星图指向的宝藏价值更高。获得星图后需在仓库中使用，系统会自动接取解密任务，通过转动天球投影匹配星座图案来定位目标星系坐标，匹配率进度会实时显示在左下角。若解密困难，可支付信用点让云端AI直接演算结果，但会消耗额外资源。
完成星图复原后，秘藏坐标会出现在行动计划面板的深空遗迹分类中，玩家可直接导航前往目标位置。探索秘藏时需注意周围环境，部分区域可能存在敌对势力或特殊机制干扰。秘藏奖励以矿物为主，也有概率获得稀有装备或道具，建议优先选择与当前战力匹配的星图难度，避免因战力不足导致探索失败。低等级玩家可考虑将未使用的星图挂售交易中心换取资源，而高阶玩家可通过批量购入星图集中刷取高价值奖励。
星图刷取效率与星系人口活跃度密切相关。高活跃度星系可能因玩家竞争导致信号源减少，建议选择中低活跃区域进行扫描。定向扫描器的类型也影响信号来源，例如引力波扫描器专用于探测富矿小行星带，而电磁波或放射线扫描器则对应其他资源类型。扫描时需关注信号源等级，高等级信号定位难度大且可能伴随高风险，但成功后收益显著。
探索前需确保舰船配备足够的护盾回充器和能量补给装置，以应对突发战斗。组队探索可提升容错率，联盟成员间还能共享资源与情报。若遇到无法单独处理的强力敌人，可暂时撤离并呼叫援护舰长支援。定期清理仓库中的冗余星图，避免占用空间影响后续任务接取。
