秘卷是提升战力和优化战斗策略的核心系统之一。秘卷装备需要通过游戏主界面左下角的秘卷功能入口进入，选择目标秘卷后点击装备按钮即可完成配置。每个忍者最多可装备一个秘卷，需根据忍者特性与战斗场景灵活调整。秘卷碎片可通过小队突袭、活动奖励或商城购买获取，集齐5片碎片可激活秘卷，后续碎片用于升级以强化效果。
秘卷分为普通秘卷与疾风传秘卷两类，前者通过小队突袭产出，后者仅限活动获取。在秘卷界面中，霸体秘卷是分界点，其前的均为普通秘卷，其后为疾风传秘卷。秘卷等级提升会缩短冷却时间并增强属性加成，例如霸体秘卷的高等级可延长无敌持续时间。需注意，部分秘卷存在专属效果，如秽土转生宇智波鼬携带幻术·此处非之术可变为幻术·伊邪那美，需结合忍者技能机制选择。
控制型秘卷如风遁·风杀阵适合先手控场，吸附效果可限制敌人走位；增益型秘卷如秘卷·查克拉能快速恢复奥义点，适配依赖大招的忍者；防御型秘卷如禁术·阴愈伤灭提供霸体状态，适合近战对抗。部分秘卷存在组合技，如六尾鸣人在地形上释放二技能可触发额外攻击效果，需通过训练场熟悉连招衔接。
资源分配方面，小队突袭加倍是性价比最高的碎片获取方式，消耗100金币可获得24片碎片及额外忍玉奖励。直购礼包适合急需提升战力的玩家，而特惠礼包因碎片转化率较低需谨慎选择。秘卷升级优先集中资源于核心秘卷，例如霸体或散，避免平均分配导致实战效果不足。
