舰队编组的核心在于理解舰船定位与战斗序列的关联性。每艘舰船的站位（前排、中排、后排）由蓝图中的预设定位决定，无法手动调整，敌方会优先攻击前排目标。编队时需确保前排配置高防御舰船吸收伤害，中后排部署输出型舰船，同时注意单支舰队指挥值上限为300（九级基地可提升至400），合理分配舰船人口是基础操作。
资源采集与战斗舰船分开编组，工程船建议搭配仓储舰提升效率。中型工程船携带载货型舰船可显著增加单次采集量，避免频繁往返基地。战斗编队则需根据敌方舰种调整克制关系，例如火炮类武器对小型舰效果显著，而防空型舰船应针对敌方载机阵容。技术点的分配应优先强化主力舰船的关键模块，如前排护甲或后排火力系统，技术点绑定特定舰船型号不可通用。
舰船移动速度是编队时容易被忽视的属性，舰队整体速度由最慢的舰船决定。高速侦查舰可先行部署目标点，主力舰队通过增援指令快速抵达，这种战术能节省大量航行时间。增援功能还可突破指挥值限制，将战巡或航母加入现有舰队，增援后舰队会转为普通航行模式，曲速航行状态下不可操作增援。
后期编队兼顾功能性与战术灵活性。主力舰队建议配置6艘以上前排舰船形成互相掩护机制，残血单位会自动退至中排减少战损。输出舰队则应侧重高移速舰船，便于包夹或突袭。攻城类舰船可单独编组为快速拆家队，而维修舰在对抗高级野怪时有一定价值，但在玩家对战中因治疗量不足往往会被替代为输出单位。
