收服诸葛亮后，玩家将正式进入游戏中期阶段。队伍的核心策略需围绕孔明的计策体系展开。回到新野城休整时，需优先调整队伍配置，将诸葛亮设为军师以解锁高阶计策（如激石计、流木计），并确保队伍中至少有两名高防御武将（如关羽、张飞）承担前排压力。建议前往荆州城、新野城更新铁剑、铁甲等装备，若此前未完成隐藏任务，可返回荆州地道或村庄探索获取老树枝、铜盾等道具。
接下来的关键剧情是博望坡之战。前往博望坡前需在襄阳城更新武器，并确保队伍中存有足够金仙丹。战斗中对阵吕旷、吕翔时，利用诸葛亮的热火计或激石计可快速清场，此战首次验证军师系统的价值。战后曹操派曹仁、李典追击，玩家需返回新野触发赤壁之战准备任务。应前往江夏与东吴势力对话，联合孙权抗曹，同时获取火药、硝石等关键道具。若此前未取得兵符，务必返回荆州城完成隐藏任务，否则后续战斗难度陡增。
赤壁阶段的核心是完成借东风与火攻连环计。进入襄阳城地道获取六甲天书后，需在特定坐标使用道具触发风向变化。此阶段推荐队伍配置为：诸葛亮（军师）、赵云（主攻）、关羽（坦克）、关平（辅助）、张飞（副攻）。战斗中对蔡瑁水军使用水龙计可事半功倍，击败后获得楼船，正式开启长江战场。赤壁胜利后，玩家将面临分支选择：北上攻打襄阳或西进入蜀。建议优先西进，因入蜀路线可收服黄忠、魏延等强力武将。
入蜀阶段需攻克葭萌关、绵竹关等多处要塞。此处敌人普遍使用冲方阵，建议切换白马阵抵消速度劣势。在成都战役前，务必完成隐藏支线落凤坡救援庞统，若成功可保留庞统加入编成所，其暗杀计与八卦阵在后期对抗司马懿时至关重要。攻占成都后，诸葛亮会短暂离队研发连弩，需依赖姜维的业火计维持输出，并前往陈仓取得诸刃斧、天空盔等顶级装备。
最终北伐阶段，队伍应配置双军师（诸葛亮+庞统/姜维）强化控场能力。祁山关战役中，司马懿的八卦阵需用解阵计破解，其召唤的落石攻击可通过银仙计抵消。最终战对阵曹操时，连弩的两次攻击特效与激石计的组合可快速削减敌方兵力，此处建议将关羽替换为马超提升爆发输出。通关后保留的隐藏武将（如吕布）可通过特殊信物在二周目激活，开启讨伐吴国的扩展剧情。
